但是，在玉米加工機械的發展還是存在著一些問題，例如環境污染等負面影響，所以通過總結實踐，國內玉米加工機械存在，技術含量地，總體技術性能要落后國外一定程度，并且相應伴隨的就是轉化率的問題，國內80%以上的玉米加工產品屬于一次性加工，這就使我們的利用率在不斷下降。針對這些問題，我們需要綜合防治，加強對玉米加工設備市場的供需平衡，進行調整使國內設備的發展速度與能力相符。
國內玉米加工機械綜合加工能力較弱，資源綜合利用率不高。嚴格來說，我國80%以上的玉米加工產品屬于粗加工或一次加工品，產業鏈條短，產業化程度低。我國玉米淀粉加工廠實際的玉米綜合利用率在92%左右，這一指標在發達國家卻高達99%以上。
另外，國內玉米加工機械的國產化水平普遍較低，技術落后，加工成本高，玉米深加工技術與發達國家還有相當大的差距，而效益較好的玉米深加工企業基本上采用進口設備。